Bilişsel Davranışçı Terapi’nin temel mantığı ruhsal bozuklukların birçoğunun altında yatan ortak mekanizma, hastanın ruhsal durumunu ve davranışlarını etkileyen şeyin çarpıtılmış ya da işlevsel olmayan düşünceler olduğudur. Başka bir deyişle; kendimiz, yakın ilişkilerimiz ve yaşadığımız dünyaya ilişkin verdiğimiz anlamlar, düşüncelerimiz, kurallarımız, beklentilerimiz, temel inançlarımız bizim yaşadığımız olayları nasıl algılayacağımızı, yaşadıklarımıza nasıl tepki vereceğimizi, ne hissedeceğimizi etkilemektedir. Bu işlevsel olmayan düşünceler işlevsel olmayan tepkilere, duygulara ve çoğunlukla da fizyolojik belirtilere (çarpıntı, terleme, titreme, nefes kesilmesi gibi) yol açar. Kişi bu düşüncelerini öncelikle farkedip, değiştirip gerçeğe daha yakın hale getirebilirse duyduğu sıkıntı azalmaya başlayacak, işlevsel olmayan davranışları azalacak ve fizyolojik uyarılmışlık tepkileri de normale dönecektir. İşlevsel olmayan düşüncelerin altında işlevsel olmayan inançlar yatar ki bunları modifiye etmek daha kalıcı iyileşmelere yol açar. Temel BDT yaklaşımı şu şekilde özetlenebilir: Bilişsel aktivite davranışı etkilemekte ve aynı zamanda izlenebilip ortaya çıkarılabilmekte, tanımlanabilip değiştirilebilmektedir. Sonuçta istenen davranış değişimi bilişlerin değiştirilmesi ile sağlanabilmektedir. Diğer taraftan, davranış değişimleri de bilişsel içeriği değiştirebilmektedir.

Bilişsel modele göre A noktasındaki tetikleyici olay ya da duruma C noktasında verilen duygusal ve davranışsal cevabı belirleyen şey, A ile C arasındaki B noktasın­da A olayı ile ilgili olarak yapılan yorumdur. B noktasındaki otomatik düşünceler bu yorumun ne biçimde yapılacağını belirler. Başka bir deyişle B noktasında A olayı ile ilgili yapılan farklı yorumlar yani farklı B1, B2 ve B3’ ler C1, C2 ve C3 gibi farklı duygu ve davranışların ortaya çıkmasına neden olur. Bilişsel-davranışçı yaklaşım, ruhsal bozuklukların etyopatogenezinde bilişsel-davranışçı unsurlar ile biyolojik faktörler (genetik, nörotransmitter işlevleri, beyin yapısı ve nöroendokrin sistemler gibi), çevre ve kişilerarası iletişim arasında karmaşık süreçlerin olduğunu ileri sürer. Diğer taraftan biyolojik işleyişin bilişsel ve davranışsal değişikliklere yol açtığı, psikotrop ilaçların ve diğer biyolojik tedavilerin bilişleri etkilediğini belirtmektedir.